Dotychczasowe studia doktoranckie (studia trzeciego stopnia) zastąpiono kształceniem doktorantów w szkołach doktorskich. Szkoły są nowymi instytucjami powołanymi do życia w wyniku reformy szkolnictwa wyższego wprowadzanej przepisami nowej ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, tzw. Ustawy 2.0.
Uniwersytet Jagielloński powołał cztery szkoły doktorskie:
- Szkołę Doktorską Nauk Humanistycznych,
- Szkołę Doktorską Nauk Medycznych i Nauk o Zdrowiu,
- Szkołę Doktorską Nauk Społecznych,
- Szkołę Doktorską Nauk Ścisłych i Przyrodniczych.