Dotychczasowe studia doktoranckie (studia trzeciego stopnia) zastąpiono kształceniem doktorantów w szkołach doktorskich. Szkoły są nowymi instytucjami powołanymi do życia w wyniku reformy szkolnictwa wyższego wprowadzanej przepisami nowej ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, tzw. Ustawy 2.0.

Uniwersytet Jagielloński powołał cztery szkoły doktorskie:

• Szkołę Doktorską Nauk Humanistycznych,
• Szkołę Doktorską Nauk Medycznych i Nauk o Zdrowiu,
• Szkołę Doktorską Nauk Społecznych,
• Szkołę Doktorską Nauk Ścisłych i Przyrodniczych.